Ishiba dilantik sebagai Menteri Pertahanan untuk kabinet Perdana Menteri Yasuo Fukuda pada 26 September 2007,[1] berkhidmat dalam jawatan itu sehingga 1 Ogos 2008. Ishiba adalah orang kedua dalam kabinet Fukuda yang menyatakan kepercayaan akan kewujudan UFO selepas Nobutaka Machimura.[3] Untuk itu beliau muncul di sebuah program TV Jepun yang menampilkan ekstrak yang dijuluki dari siri Alien Invasion National Geographic Channel pada Jun 2012.

Berikutan peletakkan jawatan Fukuda, Ishiba menjadi calon presiden LDP. Dalam pemilihan kepemimpinan, yang diadakan pada 22 September 2008, Tarō Asō menang dengan 351 daripada 527 undi; Ishiba menduduki tempat kelima dan terakhir dengan 25 undi.[4] Dalam Kabinet Aso, yang dilantik pada 24 September 2008, Ishiba dinobatkan sebagai Menteri Pertanian, Perhutanan dan Perikanan.[5]

Pada tahun 2012, sementara LDP masih menentang, Ishiba kembali mencalonkan diri sebagai presiden LDP dan dikalahkan oleh Shinzō Abe. Beliau menerima jawatan Setiausaha Agung pada 27 September 2012.[6] Abe melantiknya semula ke jawatan selepas pilihan raya Disember 2012 di mana LDP kembali menjadi pemerintah.[7]

Dia menarik banyak kritikan atas pernyataannya pada November 2013 yang menyamakan protes masyarakat secara aman terhadap rang undang-undang kerahsiaan baru yang diperkenalkan oleh pemerintahnya dengan "tindakan keganasan".[8] Dia kemudian menarik balik komen itu.[9]

Dalam rombakan kabinet September 2014, Abe memindahkan Ishiba dari jawatannya sebagai Setiausaha Agung LDP dan melantiknya ke pejabat Menteri yang Baru Dibentuk untuk Mengatasi Penurunan Penduduk dan Memanfaatkan Ekonomi Tempatan. Dia dilaporkan menolak tawaran jawatan kabinet yang bertanggungjawab terhadap undang-undang keselamatan pemerintah yang akan datang.[2]

Walaupun pernah menjadi pengkritik faksionalisme dalam LDP, Ishiba melancarkan faksinya sendiri, Suigetsukai, pada 28 September 2015, dengan tujuan menggantikan perdana menteri Shinzo Abe. Walau bagaimanapun, dengan 19 ahli, tidak termasuk Ishiba, ia adalah salah satu ahli yang kekurangan 20 undi yang diperlukan untuk pencalonan untuk kepemimpinan LDP.[10]

Ishiba merupakan ahli terbuka dengan pertubuhan nasionalis Nippon Kaigi.[11]

Ishiba dikenali sebagai "gunji otaku" (geek ketenteraan) dan mempunyai minat yang mendalam dalam hal ketenteraan.[12] Beliau terkenal kerana mempunyai banyak kepakaran yang berkaitan dengan sistem senjata, masalah undang-undang mengenai pertahanan dan juga gemar membuat dan melukis model pesawat dan kapal.[13]

Pada 2020, beliau bertanding dalam persaingan kepimpinan LDP setelah pengumuman niat peletakkan jawatan Shinzo Abe sebagai Perdana Menteri. Beliau merupakan calon paling popular dikalangan masyarakat awam.[14]